A Sió-csatorna Siófoknál, a 33 dpkm-nél ágazik ki a Balatonból, majd 120,8 km hosszan, a Mezőföld déli részén a Somogyi-dombság és a Hegyhát lankáinak szélén kanyarog, majd a Sárköz északi részén a Gemenci-erdő mellett, az 1497,1-es folyamkilométernél éri el a Dunát. Kilométerszelvényeinek a számozása a dunai torkolattól kezdődik. A meder esése átlagosan 14,5 cm kilométerenként, szélessége 20 és 30 méter, mélysége 0 és 8,8 méter között váltakozik. A víz sebessége függően a siófoki vízeresztéstől és a Duna visszaduzzasztó hatásától, 0,5-4 km/h lehet. A csatorna vízállása nem egyenletes. Felső folyásában jelentősebb vízmennyiség csak akkor van, ha Siófoknál a zsilip is nyitva van és a Balatonból vízeresztés történik. Alsó folyása főként a Kapos-folyó vízhozamától függ. A Sió-vízrendszer (Zala, Balaton, Sió, Kapos, Sárvíz) együttes vízgyűjtő területe: 14.728 km2. A Sió-csatorna összeköttetést teremt a Balaton és Európa mintegy 9.000 km hosszú víziút rendszere között.

A Sió-csatorna vízgyűjtő medre jelenleg szennyezett, növényzettel egyre nagyobb arányban benövő, elhanyagolt meder. Csak a Balatonból történő víz leeresztésével lehetne pillanatnyilag megoldani a hajózást, az öntözéses vízgazdálkodást, a halastavak időnkénti vízzel történő feltöltését. 1990-ben a hajózhatóság javítása érdekében már készültek tervek, mely alapján kb. 4 zsilippel a 16 méter szintkülönbség a Balaton és a Duna-torok között kiküszöbölhető lehetne és a csatorna folyamatosan hajózható lenne.

Siófoknál a személyhajókikötőben található a vízeresztő zsilip, mely segítségével lehet a vízeresztést végezni. A hajózsilip a siófoki teherkikötőből nyílik. A két siófoki zsilip utáni csatornaszakaszok 150 m után egyesülnek közös mederbe. A Duna torkolat előtt 2,7km-re található az árvízkapu, mely tulajdonképpen egy vízeresztő zsilipből és egy hajózsilipből áll, de fő feladata a Duna visszaduzzasztó hatásának megelőzése, illetve a csatorna védelme a dunai árvizek-től.